Reimarus đã cho ra đời khá nhiều trước tác trong đời mình, số lượng và tính đa dạng của các tác phẩm của Reimarus khiến ông là một đại diện tiêu biểu của triết học khai sáng. Đầu tiên là một số bài nghiên cứu và bài viết ngắn, rồi đến năm 1734 ông hoàn tất một bản dịch của Sách Gióp cùng với lời bình. Đây là công trình mà học giả Johann Adolf Hoffmann còn làm dang dở. Năm 1737, H. S. Reimarus bắt tay vào biên soạn một tác phẩm nói về nhà sử học La Mã Dio Cassius, sử dụng những tư liệu mà thầy J. A. Fabicius thu thập được. Tác phẩm này được xuất bản 2 tập vào các năm 1750 và 1752, và nó chính là trước tác làm nên danh tiếng của Reimarus với tư cách là một học giả.

H. S. Reimarus bắt đầu cho ra lò các tác phẩm triết học của riêng mình từ năm 1754 với việc xuất bản 10 luận văn mang tiêu đề "Những điều chân thật nhất của tôn giáo tự nhiên" (Die vornehmsten Wahrheiten der natürlichen Religion, ấn bản thứ 7 năm 1798), theo sau đó là một tác phẩm nói về lý luận mang tên "Học thuyết về lý luận như là sự giới thiệu về cách sử dụng lý luận đúng đắn trong việc tìm hiểu về sự thật" (Vernunftlehre als Anweisung zum richtigen Gebrauche der Vernunft, 1756, tái bản lần thứ 5 vào năm 1790). Năm 1760 ông cho ra lò tác phẩm "Suy nghĩ về bản năng của động vật" (Betrachtungen über die Triebe der Thiere, ấn bản thứ 4 năm 1798[3]), cũng bàn về vấn đề tôn giáo tự nhiên.

Tác phẩm quan trọng nhất của Reimarus, và cũng là đóng góp quan trọng nhất của ông trong mảng thần học, đó là một trước tác nghiên cứu về con người chân thật của Giêsu trong lịch sử mang tên "Một lời biện hộ cho lối thờ phượng Thượng đế dựa trên lý trí" (Apologie oder Schutzschrift für die vernünftigen Verehrer Gottes), viết từ năm 1736 đến 1768 song song với các tác phẩm khác. Reimarus chỉ cho những người bạn rất thân đọc trước tác này và không xuất bản nó lúc sinh thời, ông cho rằng dư luận thời đại của mình chưa chuẩn bị sẵn sàng tâm lý để đọc những bài viết phân tích và vê phán đạo Kitô cũng như phê phán Thánh kinh, vốn có nội dung chống lại trào lưu Kitô chính thống (cũng như tư duy tin vào từng câu từng chữ của Kinh thánh thời đó) và thậm chí có thể dẫn đến việc phủ nhận hoàn toàn tính chất "mạc khải" mà đức tin Kitô cố gắng xây dựng.